“咬痕行动”彻底失败后，沃伦团队一度放弃拯救世界的使命。直到他们遇到了来自北京的病毒专家孙美博士，得知北京有20万幸存者，亚洲团队试研疫苗失败，急需墨菲的抗体。沃伦决定重新出发寻找墨菲。
此时的墨菲已野心膨胀，他在华盛顿州斯波坎市建立了自己的”墨菲镇”，利用血清制造大批能受他控制的”混种”人类，企图建立一个由他统治的新世界。与此同时，Zona派出了冷酷的赏金猎人“光头强人”（The Man）追捕墨菲及其女儿露西。本季首次采用双线叙事：沃伦一方联合红手党组织攻打墨菲镇，多克和艾迪则追踪被掳走的露西。季末，10K感染严重，孙美用”先杀死再让墨菲咬”的方法救活了他；而墨菲和沃伦被同一颗子弹击中，一架标注”USAF Zone A”的飞行器出现并向众人开火。
