剧情简介：
谢泼德搜寻蒂拉未果返回亚特兰蒂斯时，发现城市已被遗弃。城市四周不是海洋，而是一片广袤的沙丘荒漠。随后，一个苍老了许多的麦凯的全息影像联系了他——一场意外事故将谢泼德抛到了四万八千年后的未来。没有谢泼德，飞马座星系的局势急转直下——他们最终找到了蒂拉，但她已经死了。迈克尔完善了他的混种大军，摧毁了幽灵。罗农离开亚特兰蒂斯独自对抗迈克尔，在托德的协助下摧毁了迈克尔的一处实验室，自己也牺牲了。卡特驾驶新战舰“凤凰号”展开游击战，最终在战斗中与三艘幽灵母舰同归于尽。此后，伍尔西接管了亚特兰蒂斯，下令停止援助星系中的其他文明，导致麦凯和凯勒离开并返回地球。两人相恋，但凯勒最终因霍法病毒的并发症去世。麦凯将余生献给了寻找将谢泼德带回过去以改变历史的方法。二十五年后，他终于成功了，说服已成为少将的洛恩允许他回到亚特兰蒂斯实施计划。麦凯将一切解释给谢泼德听后，将他送入静滞舱，等待时机成熟时将他送回自己的时间线。凭借麦凯的努力，谢泼德成功返回了现在——距离他离开仅仅过去了十二天，并且得到了蒂拉的下落。谢泼德率队赶往迈克尔的基地，却来得太早，触发了陷阱，整座建筑轰然倒塌将他们掩埋。
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